При высокой общей площади малонарушенных лесных территорий России (более 25 %), максимальная антропогенная нагрузка приходится на леса Центральной полосы Европейской части России и Юга Сибири. В результате нерационального лесопользования и антропогенных пожаров деградируют уникальные и редкие лесные экосистемы, сокращается их биологическое разнообразие. Одним из субъектов РФ в этой категории является Алтайский край. Более 70 % лесов этого региона относится к категории защитных, но именно эти территории переданы в аренду в целях заготовки древесины. Поэтому вопрос сохранения уникальных лесных систем особенно актуален для Алтайского края и имеет высокое практическое значение. Целью данной работы стала выработка методических подходов к выделению редких лесных экосистем и местообитаний (ЛВПЦ 3) на территории Алтайского края. Методика апробирована в Тягунском и Тогульском лесничествах в процессе FSC-сертификации и будет полезна для лесопромышленных компаний и органов власти при планировании и проведении лесозаготовительных работ.