При осуществлении таможенного контроля, таможенный орган зачастую руководствуется принципом выборочности, ограничиваясь только совершением тех форм контроля, которые необходимы для соблюдения таможенного законодательства. При этом широко используется система управления рисками, целью которой является минимизация совершения неправомерных действий участниками ВЭД, которые могут нанести существенный ущерб торговым интересам государства. Таможенные органы применяют систему управления рисками для определения товаров, транспортных средств международной перевозки, документов и лиц, подлежащих таможенному контролю, форм таможенного контроля, применяемых к таким товарам, транспортным средствам международной перевозки, документам и лицам, а также степени проведения таможенного контроля. Порядок сбора и обработки информации, проведения анализа и оценки рисков, разработки и реализации мер по управлению рисками устанавливается законодательством государств — членов ТС. В России порядок применения СУР регламентирован Концепцией системы управления рисками в таможенной службе РФ, утвержденной Приказом ГТК России от 26.09.2003 № 1069, и Инструкцией о действиях должностных лиц таможенных органов при применении системы управления рисками, утвержденной Приказом ГТК России от 28.06.2004 № 750дсп.